Хірургічні операції на головному мозку, на відміну від радіохірургії, завжди потребують проведення трепанації черепа
В наслідок операції на мозку у зоні трепанації може залишитися дефект черепа у вигляді втягнення шкіри, пульсацї чи випинання мозку. Щоб уникнути цього кістковий клапоть, що був випиляний при трепанації, нейрохірурги повертають на місце та щільно фіксують. Це так звана краніопластична трепанація черепа.
В інших випадках, коли кісткового клаптя немає або його встановити не можливо, дефекти черепа закриваються перфорованими титановими пластинами, які механічно захищають підлеглий мозок та є нейтральними для організму.
Ще 30-40 років тому трепанація черепа була досить ризикованою, тривалою та непередбачуваною процедурою. Зараз використовуються високоточні системи нейронавігації для вибору місця та розмірів трепанації, а також безпечні бори і фрези для швидкого різання кістки